Genereller Status
Die IUCN (International Union for Conservation of Nature) stuft das Eichhörnchen aufgrund des sehr großen Verbreitungsgebietes und der großen Bestände als nicht gefährdet (Least Concern) ein. Global wird keine Gefährdung der Bestände gesehen, obwohl es regional zu Rückgängen durch Lebensraumverluste und Fragmentierung der verfügbaren Lebensräume kommt.
Vor allem in der Mongolei stellt die starke Bejagung als Pelztier und der Pelzhandel ein potenzielles Risiko für die Eichhörnchenbestände dar.
In Deutschland gehört das Eichhörnchen nach der Bundesartenschutzverordnung als heimische Art zu den „besonders geschützten Arten“. Die Tiere dürfen daher nicht gejagt, gefangen, getötet oder privat gehalten werden. Ebenso dürfen Kobel nicht entfernt und nicht geleert werden.
Konkurrenz durch Grauhörnchen
Das in Großbritannien, Irland und Italien als Neozoon eingebürgerte nordamerikanische Grauhörnchen führt in Regionen gleichen Vorkommens zu einem dramatischen Bestandsrückgang des Europäischen Eichhörnchens aufgrund der Konkurrenz. Das Grauhörnchen ist erfolgreicher als das heimische Eichhörnchen, weil es die im Herbst vergrabenen Nahrungsvorräte mit größerer Sicherheit wiederfindet und dabei außerdem die Vorräte des heimischen Eichhörnchens nutzt. Befürchtet wird, dass ein Vordringen der Grauhörnchen auf dem Kontinent das Eichhörnchen hier weiter zurückdrängen könnte und die Grauhörnchen weite Teile des Verbreitungsgebiets der Eichhörnchen besiedeln könnten. Allerdings gilt die Überlegenheit der Grauhörnchen nur für Laub- und Mischwaldhabitate, in Nadelwäldern dagegen können sich die Eichhörnchen weiter gegen die nordamerikanischen Konkurrenten behaupten.
Hinzu kommt, dass Grauhörnchen nicht durch eine Infektion mit dem Parapoxvirus der Hörnchen an Parapocken erkranken und dass sie das Virus als Reservoirwirte an das Eichhörnchen übertragen, für das diese Virusinfektion oft tödlich ist. Bei Studien in Großbritannien wurde festgestellt, dass mehr als 60 Prozent der Grauhörnchen mit dem Virus infiziert sind und dass die Verdrängung des Eichhörnchens in Gebieten, in denen das Virus festgestellt wurde, etwa 20-mal so schnell stattfindet wie in Gebieten ohne Virusnachweis. In Italien wurde das Virus bislang nicht festgestellt.
Einer irischen Studie zufolge kann eine ausreichende Population von Baummardern die Verdrängung der Europäischen Eichhörnchen durch das Grauhörnchen verhindern. Wissenschaftler vermuten, dass die Europäischen Eichhörnchen vergleichsweise sicherer vor dem Baummarder sind, weil sie flinker sind als die Grauhörnchen und sich zur Nahrungsaufnahme seltener auf dem Boden aufhalten.
Eichhörnchen als Neozoon
Vor allem in Japan, wo das Eichhörnchen nicht heimisch ist, wird es regelmäßig als Haustier eingeführt. Durch eine unkontrollierte Verbreitung stellt es hier ein potenzielles Risiko für die Bestände des Japanischen Eichhörnchens (Sciurus lis) dar, mit dem es sehr nah verwandt ist.